《神農本草經》相傳為神農所作，但并非出自一人之手，約成書于200年，原書早己亡佚，本書系孫星衍待從《太平御覽》、《大觀本草》、《證類本草》中輯佚而成。《神農本草經》，簡稱《本經》，是我國現存最早的一部藥學專著。關于其著作年代及作者，由于《帝王世紀》有：“炎帝神農氏……嘗味草木，宜藥療疾，著本草四卷”之說，故使人認為《本經》作者是神農。如北齊顏之推《家訓》即謂“本草神農所述”。但神農在歷史上是傳說中的人物，況且在神農時代尚未有文字，因此不能認為是神農所著。據梁代陶弘景在《本草經集注》序中謂：“本經所出郡縣，乃后漢時制，疑系仲景、元化等所記”。宋代掌禹錫在《嘉祐補注本草》序中謂：“上世未著文字，師學相傳，謂之本草。兩漢以來名醫益眾，張機、華倫輩始因古學，附以新說，通為編述，《本經》由是見于經錄”。南宋王應麟在《困學紀聞》中謂：“神農作本草非也。三五之世，樸略之風，史氏不繁，紀錄無見。斯實后醫工知草木之性，托名炎帝耳。”近代梁啟超在《古書真偽及其年代》中說：“此書在東漢三國間已有之，至宋、齊間則已立規模矣。著者之姓名雖不能確指，著者之年代則不出東漢末訖宋、齊之間”。故現代學者，一般都認為《本經》為東漢末年（約公元200年）之作品，非一人之手筆，是集體所創作，而托名于神農。正如 《淮南子?修務訓》所說：“世俗之人，多尊古而賤今，故為道者必托之于神農、黃帝，而后始能人說”，所以《本經》上冠以神農二字，亦即此故。

《本經》載藥365種，其中有植物藥252種，動物藥67種，礦物藥46種（此據顧觀光輯本統計之數，其他各本，互有出入）。根據藥物的性能和使用目的，分為上、中、下三品。上品120種，無毒。大多屬于滋補強壯之品，如人參、甘草、地黃、大棗等，可以久服。中品120種，無毒或有毒，其中有的能補虛扶弱，如百合、當歸、龍眼、鹿茸等；有的能祛邪抗病，如黃連、麻黃、白芷、黃芩等。下品125種，有毒者多，能祛邪破積，如大黃、烏頭、甘遂、巴豆等，不可久服。

《本經》對每味藥所記載的內容，有性味、主治、異名及生長環境。如“當歸味甘溫，主咳逆上氣，溫瘧寒熱洗洗在皮膚中，婦人漏下，絕子，諸惡瘡瘍金瘡，煮飲之。一名干歸。生川谷”。這些內容以當時的水平來衡量，是比較切實的。

《本經》不僅記載著365種藥的性味、主治等內容，還在其《序錄》中簡要地提出：“藥有酸咸甘苦辛五味，又有寒熱溫涼四氣及有毒無毒。”“療寒以熱藥，療熱以寒藥，飲食不消以吐下藥……各隨其所宜”等基本理論及用藥原則，并總結了 “藥有君臣佐使”，“有單行者，有相須者，有相使者，有相畏者，有相惡者，有相反者，有相殺者”等藥物配伍方法。為保證藥物質量，還指出要注意藥物的產地，采集藥物的時間、方法、真偽。制成各種劑型，要隨藥性而定。用毒藥應從小劑量開始，隨病情的發展而遞增。服藥時間應按病位所在確定在食前、食后或早晨、睡前服藥。這些對臨床用藥均有一定的指導意義。

《本經》是漢以前勞動人民在實踐中所積累的用藥經驗的總結，它將藥物分為上、中、下三品，是中藥學按功用分類之始。它所述的藥物主治大部分是正確的，有一定的科學價值。如水銀治疥瘡、麻黃平喘、常山治瘧、黃連治痢、牛膝墜胎、海藻治癭瘤。不但確有實效，而且有一些還是世界上最早的記載。如用水銀治皮膚疾病，要比阿拉伯和印度早500至800年。

《本經》的問世，對我國藥學的發展影響很大。歷史上具有代表性的幾部《本草》，如《本草經集注》、《新修本草》、《證類本草》、《本草綱目》等，都淵源于《本經》而發展起來的。但由于歷史條件的限制，其中未免摻雜了少數荒誕不稽之說。如樸消“煉何服之，輕身神仙”，太一余糧“久服輕身飛行千里神仙”，澤瀉“久服能行水上”，水銀“久服神仙不死”等。這些唯心之說，與當時迷信方士（《辭海》1979年版方士條：“中國古代好講神仙方術的人”）有一定的關系。對此，當本著去蕪取精的精神，批判地繼承其正確的內容。

《本經》原本早已散佚。現所見者，大多是從《證類本草》、《本草綱目》等書所引用的《本經》內容而輯成的。由于重輯者的著眼點和取材不同，因而各種輯本的形式和某些內容有一定的差異。常見的輯本有盧復輯 《神農本經》三卷，孫星衍、孫馮翼同輯《神農本草經》三卷，顧觀光輯《神農本草經》四卷，森立之（日本人）輯《神農本草》四卷，王閻運輯《神農本草經》三卷，姜國伊輯《神農本經》一冊，未分卷。這些輯本經重輯者的研究考證，基本上已接近原來的面目。